פרויקט Big Data באוניברסיטת פיטסבורג חשף דפוסים בגידולי סרטן השד

המרכז הרפואי של אוניברסיטת פיטסבורג (UPMC) הודיע על התקדמות בפרויקט Big Data שהוא עורך, שמטפל במחקר סרטן השד.

באוקטובר האחרון החליט המרכז הרפואי להשקיע בבניית מחסן נתונים ארגוני, כחלק מהשקעה בת חמש שנים של 100 מיליון דולרים בתשתיות IT, מבוססות יבמ (IBM), אורקל (Oracle), אינפורמטיקה (Informatica) ו-dbMotion הישראלית. חוקרי המרכז בחנו נתונים בלתי מזוהים של 140 מטופלות ותרמו מידע זה לאטלס גנום הסרטן (TCGA) – פרויקט במימון של הממשל האמריקני, שמטרתו לייצר מפות גנטיות מקיפות של סוגי הסרטן השכיחים ביותר.

ד"ר אדריאן לי, מנהל המרכז לחקר סרטן בקרב נשים באוניברסיטת פיטסבורג, אמר ש-"כשאנחנו באים לבחון גידול אצל מטופלת אנחנו מנסים להבין מהם המניעים של הגידול ומהם השינויים הגנטיים שגורמים לו להיות סרטני. ברגע שמצאנו אותם, אנחנו יכולים למקד אותם".

החוקרים השתמשו במערכות של מיחשוב עתיר ביצועים (HPC) על מנת לשלב נתונים קליניים מרשומות רפואיות אלקטרוניות (EHR), כמו גם מידע גנומי אודות המטופלות, והשוו אותם מול הגיל שלהן, גודל הגידול שנמצא בגופן ומצבו. ד"ר לי הסביר שייחודו של הפרויקט הוא בשילוב נתונים משדות שונים, שבעבר לא נותחו כלל או שלא נותחו במשולב עם נתונים אחרים. "המטרה הייחודית של הפרויקט היא לנסות ולשלב כמויות גדולות של נתונים, מהרשומה הרפואית האלקטרונית ומחוצה לה. העובדה שהדבר לא נעשה בעבר היא מבחינה היסטורית אבן נגף ענקית", אמר.

באחרונה הודיעו החוקרים, כי הם הצליחו לנצל כלי Big Data על מנת לזהות הבדלים מולקולריים בהרכב של סרטן השד, בין מטופלות שלפני גיל המעבר לאלה שלאחריו. לדברי ד"ר לי, "העובדה שיש לנו מקור נתונים אחד מאפשרת לנו לשאול יותר שאלות בצורה מהירה יותר, עם מיקוד ברפואה אישית".

הוא ציין שמצבן הבריאותי של נשים שנעשות חולות סרטן השד לפני גיל המעבר גרוע יותר בהשוואה לאלה שלוקות בו אחריו. "נדרש מחקר נוסף כדי לגלות מדוע זה קורה", ציין החוקר. הוא אמר, כי שאלות נוספות שייבחנו בעתיד באמצעות פרויקטי ניתוח נתונים שכאלה קשורות לגיל המטופלות ולמוצאן הגזעי. "נשים אפרו-אמריקניות נוטות לחלות בסרטן השד באופן אגרסיבי יותר וגם למות ממנו מוקדם יותר מאשר נשים קווקזיות", אמר ד"ר לי. "ברגע שיש מקור נתונים אחיד, עם יכולות לניתוח Big Data, ניתן להתחיל לשאול את כל השאלות הללו מוקדם ויעיל יותר מבעבר. זה שונה מהמצב הקודם, בו כל המידע הזה היה פרוש במערכות מידע שונות".

מחקר עתידי נוסף אותו ציין החוקר ינסה לקבוע טיפול פרטני למטופלות, שמבוסס על שינויים בגידול שלהן ועל השינויים ביניהן. "לכל אחד מאתנו יש תכונות גנטיות ייחודיות ומה שאנחנו רוצים לעשות הוא למצוא תתי-קבוצות של חולות, שהגידולים שיש לחברותיהן מתנהגים בצורה שונה, כך שנוכל למקד אותם", אמר ד"ר לי.

הפרויקט הנוכחי צפוי להסתיים באביב בשנה הבאה. לאחריו ייערכו מחקרים נוספים, גדולים יותר, על סוגים אחרים של סרטן ומחלות נוספות.